1、论文类型单调，缺乏学科特色中医药理论虽然有学术上凝固性的一面，表述上也形成了一定的习惯性程式，但同时又存在着学术上不断发展的一面，其表述形式也必须跟上时代发展的步伐。
“以不变应万变”这句老话所表现的，正是中医药论文在不断延续、出新过程中“不变”与“变”的辩证关系。这里，关键就在这个“变”字上。说起来容易做起来难，实际上这种变化举步维艰，打开中医药期刊一看，大部分论文所表述的内容和表现形式几乎是几十年一贯制：一些理论性论文缺乏新意，甚至是一些论点的反复克隆和重复。
应用性论文更加突出，充斥版面的个案、群案报道，使人有“百刊面孔雷同，千篇似曾相识”的感觉。也有期刊开辟出医话、医论、研讨、解答等形式，但还没有形成特色和个性，充其量是同类问题的汇集，缺乏有机交流的深层次内涵。
一些专科性质的期刊，本身具备个性特色，却习惯于跟着综合性期刊的路子走，结果失去了个性。如以“民间医学”为宗旨的杂志，却找不到民间医学的内容;以“急救医学”为宗旨的杂志，反映的大都是寻常的治法。一些期刊还出于单纯的经济利益，把缺乏科技根据、夸大实际效果、明显带有广告性质的内容直接或变相强塞给读者，最终导致对读者基本利益的伤害。
论文设计粗糙，缺乏科学依据一篇好的论文，首先来自一个好的设计。以应用性论文为例，无论是交叉设计、析因设计、正交设计、重复测量设计，都必须能真实反映出研究目的和过程。不少作者不懂得这些基本方法，而是以简单的分组代替设计，绝大部分论文都是对以往经历的回顾，具有前瞻性设计的可谓凤毛麟角。
其中虽有一些论文在名义上是冠以“前瞻性”的，事实上遮不住从回顾性内容中人为制造的痕迹。以上情况基本是当前中医药学术论文存在的通病。更有甚者，个别作者随意编造、删改实验数据，更改病例发生的时段，使论文失去真实性和可信性。
不少论文没有对照组，即便是一些设有对照组的文章，不少却形同虚设：实验组与对照组不仅在年龄、性别等基本要素上不均衡，缺乏可比性，且不是采取随机抽取或分层的方法，而是按照人为划分的手段获得的。这种所谓的“对照”，失去了对照的实质性意义。
如一个乡镇医院的医生，在他的论文中提供了一年内使用中医药抢救有机磷中毒100多例的报道，还有30名的对照组。且不说这个乡中毒人数之众难以令人置信，就是其所谓的“前瞻性”设计也不能不令人生疑。试想，在中毒者情况各异、迅速抢救垂危生命前提下，要套入作者设计的方案进行对照可能做得到吗?给人的感觉，只会是虚假的、不现实的和不负责任的。
统计学处理问题多，假阳性结果随处可见对于大多数论文作者、特别是工作在基层的临床医生来说，论文的统计学处理既是一个头痛的问题，也是一个敏感的问题。一些作者没有这方面的专业知识，又迫于期刊的要求，要么请人帮助计算，要么干脆拿别人使用过的结果比葫芦画瓢，照着搬过来。更有甚者，随便做起数字游戏，改变实际数字，制造出能够为设计“效果”服务的假阳性来。由此造成的一些论文“水分”大、所用方法不能重复的弊病，就在所难免了。
有专家对近20年来我国发表在核心期刊上的论文进行审查，发现统计学误用率平均高达80%。就是一些重大项目的论文，也有50%存在着明显的统计学错误。究其原因，虽然与论文作者的科研水平和道德缺陷有关，也与期刊普遍追求的所谓阳性率的做法不无关系。需要指出的是，在运用中医药治疗各种疾病的实践中，两种实验方法或药物在临床上虽然没有统计学意义，但却取得了基本相同效果的例子是十分常见的。
它证明了不同方法或药物，在临床中具有的可靠性和可替代性，其本身也是一种非常有意义的意义。优效性结论(新方法优于传统的方法)虽然是我们每个科研者的愿望，但实际上是不容易取得的，能取得等效性(新方法与传统方法的效果基本相当或相差无几)、甚至非劣效性(新方法虽然很难超过传统方法，但具有验便简廉的实用价值和经济价值)结论，也不能不说是一种有意义的结果，各种期刊不能不面对这一基本事实。
论文文采不足，语法错误较多无论什么类型的文章，本质上都是以书面语为表达手段的。作为中国优秀传统文化的构成，中医药著述自古就是非常讲究文字功夫的。翻开祖国医学的历代典籍，先贤们留给后人的不仅是一部部优秀的学术经典，更是一部部优美的文字学佳品，这是值得我们继承和效法的。只有准确的文字表述、优美的文学手法，才能把要表达的内容说清楚，才能引人入胜，才能达到扩大宣传和影响的效果。任何形式的论文，都必须符合起码的文字学规则，文章要写出点文采并不算苛刻的要求。
不少中医药期刊的文章都在不同程度上存在着文采不足情况，滥用字、生造词、语句不通、乱用标点等错误并不罕见。笔者在对报纸、书籍、杂志的审读比较中发现，期刊的差错率相对较高。它除了作者的责任心和水平外，也反映出部分编辑人员责任心不够、文化素质不高的缺陷。在被人们视为文人荟萃的中医界，写不出高水平的文章、作品缺乏文采的问题不是个别现象。
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