多数期刊的投稿论文审查流程包含好几个阶段。首先初审阶段，也即内部审查阶段，期刊编辑会直接淘汰不符合期刊宗旨或投稿规定的稿件。一般而言，期刊退稿可能是基于以下原因：
1. 论文质量明显低劣
2. 论文主题明显与期刊的宗旨无关，或该主题不够新颖
3. 论文不符合期刊规定的篇幅限制(医学期刊对篇幅有较严格的限制)
4. 论文内容或格式不符合期刊规定
5. 作者未递交期刊要求的相关声明，如作者责任声明、财务揭露书，或版权转让书等。
外部审查阶段
论文通过初审后，会被交由一名执行编辑负责，再由这名执行编辑将论文寄给二到三位审稿人审阅。审稿人的挑选通常基于以下几项原则：
1. 他们是期刊的编辑委员之一
2. 他们同意担任该论文的审稿人
3. 他们具备相关的专业知识
4. 他们是该领域公认的权威
5. 他们与该执行编辑有长期的工作上的合作关系
审稿人可能会事先收到信件，询问他们是否有时间或兴趣担当审稿人，或是直接在收件匣中发现需审阅的稿件以及相关说明。各期刊对论文的审查，有具体的规定和评分标准，审稿人须依照这些规定、标准来评鉴稿件。虽然期刊各有不同的评量标准，但基本涵盖下列问题：
1. 论文主题的重要性
2. 论文原创性
3. 论文主题切合时宜
4. 论文内容的质量
5. 书写品质
6. 图表精确性
7. 论文结论是否有力
8. 论文在该期刊发表的适合性
有些期刊提供开放式问题做为审查意见模板，而更常见的作法是期刊要求审稿人依据自己的标准对论文评分。例如，审稿人不单需要判断论文是否有原创性，而且评判论文具有多高的原创性(可能介于一分到五分之间);又如，审稿人也不只是判断论文主题是否重要，还要说明重要的程度。审稿人除需要针对特定项目进行评分外，还要帮助编辑评判该论文是否：
(1) 接受
(2) 修改完善后再接受
(3) 修改完善后再进行审阅
(4) 拒绝
审查意见
审稿人完成论文评分后，通常还须做两件事。首先，他们需要致信期刊编辑，说明论文评分的依据、具体的意见和修改建议，更重要的是，指出论文在修改完善后是否被接受或需再审。当然，这些意见并不会透露给论文作者。第二，审稿人须撰写给论文作者的意见、建议，就是我们常见的Reviewer’s Comments。这些意见和建议的目的在于帮助作者改进论文。
审稿人写给论文作者的意见、建议可能会被要求直接寄回论文的执行编辑，或寄给另一位期刊编辑。编辑通常还要参照审稿人的意见以及自已阅读论文的想法，撰写一段对论文的总评作为接受或拒绝论文的依据。该总评可能是所有审查意见的汇整，或是转述全体评审人员对论文质量与重要性的共同评价。
1.其他因素
审查流程还会受到其他因素的影响，值得一提的有两个因素。其一和金钱有关。多数主流期刊既不支付作者稿费，也不要求作者支付出版费，但也有例外。例如少数著名期刊会支付论文作者不多的稿费，或有些科学期刊要求作者依照论文在期刊中所占的页数来支付版面费。第二项因素是有关保密性，虽不是全部，但大部分的期刊都采取保密措施以保护作者和审稿人。因此，论文作者不会知道是谁审阅了他们的稿件，审稿人亦无从得知作者的身分。
2. 作者通知
在审查流程的最后一步，期刊编辑会寄发通知给论文作者。如果论文遭到拒绝，某些编辑会采取值得称道的作法，针对投来的稿件提出具体建议。可能基于时间或操作上的考虑，某些编辑只会寄发电子邮件，通知作者该论文并没有被期刊接受。接下来，收到拒绝信后该怎么办?该修改论文后改投其他期刊，或者干脆放弃?要做出决定，不妨参考审稿人的建议，且最好是征询导师或专业人士的意见。
3..特邀论文
许多期刊会不定期向个别作者就某一特定主题邀稿。有时候，特邀论文是整本期刊中发表的唯一一篇关于该特定主题的文章;其他时候，特邀论文则和其他几篇类似论文一同探讨该特题议题。无论是哪一种方式，特邀论文并不会经过一般的同行审查流程或是寄给外部审阅者以评鉴其质量与领域贡献度，而是由至少一位曾参与选题的人士进行审查。
结论
在投稿论文时，熟悉审查流程有助于了解期刊编辑心目中的理想稿件，从而有的放矢、扬长避短。如上所述，大多数期刊在内部初审和外部审查阶段各有须特别注意的事项。对作者而言，被拒绝并不意味着失败。不妨综合考量审稿人的意见，对论文修改完善，以提升文章的品质，达成再次投稿成功。
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